W momencie zatwierdzania na stałe faktury VAT marża utworzy się zapis w rejestrze VAT sprzedaży na fakturę VAT marża oraz automatyczny dowód wewnętrzny.
Dla pakietu z Księgowością dokumenty te zostaną automatycznie zaksięgowane do Księgi Przychodów i Rozchodów.
W przypadku gdy kwota marży nie zostanie uzupełniona na fakturze VAT marża to będzie można ją uzupełnić na dokumencie w rejestrze VAT sprzedaży. Dla takiego dokumentu można utworzyć również dokument rozliczenia marży w rejestrze VAT sprzedaży.
W rejestrze VAT sprzedaży dla automatycznego dokumentu rozliczenia marży w sekcji Pozycje pojawią się 2 pozycje:

W programie istnieje możliwość utworzenia automatycznego dowodu wewnętrznego sprzedaży w przypadku gdy taki dokument został usunięty przez Użytkownika. W menu kontekstowym do zapisu w rejestrze VAT sprzedaży utworzonym do faktury VAT marża dostępna jest opcja Utwórz automatyczny dokument rozliczenia marży, która spowoduje utworzenie automatycznego dowodu wewnętrznego sprzedaży.

W rejestrze VAT sprzedaży istnieje możliwość utworzenia dwóch wydruków: Rejestr opodatkowania marżą oraz Rejestr dla biur turystycznych.
W księdze podatkowej w kolumnie (7) Sprzedaż zostaną zaksięgowane dwa zapisy: pierwszy zapis to kwota przychodu należna od nabywcy (cena brutto z dokumentu faktura VAT marża), drugi zapis to ujemna korekta kwoty przychodów o wartość podatku VAT od marży.